Pigmentácia očí
Farba očí psa je taktiež geneticky podmienená a úzko súvisí s celkovou pigmentáciou tela. Väčšina psov má hnedé oči v rôznych odtieňoch - od svetlej jantárovej až po tmavú čokoládovú - pričom intenzita farby závisí od množstva pigmentu v dúhovke. Psy s hnedou (liver) pigmentáciou majú oči zvyčajne svetlejšie, jantárové až zelenkasté, pretože produkujú menej tmavého pigmentu.
Modré oči u psov sú najčastejšie spojené s merle génom alebo s výraznou bielou pigmentáciou v oblasti hlavy - nie sú teda samostatným sfarbením, ale dôsledkom narušenej pigmentácie dúhovky. Výnimkou je sibírsky husky, u ktorého sa modré oči vyskytujú ako štandardná genetická varianta nezávislá od merle génu.
Heterochrómia - teda rozdielna farba oboch očí, alebo dokonca dvoch rôznych farieb v rámci jedného oka - je u psov relatívne bežná a sama o sebe nie je znakom ochorenia. Najčastejšie sa vyskytuje u merle sfarbených jedincov a u niektorých plemien s výraznou bielou kresbou.
